L’ARPE a été créée, en 1991, par Mireille Delmas-Marty, alors professeur à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, puis professeur au Collège de France. A ses côtés, furent membres fondateurs : Philippe Lafarge, avocat, ancien bâtonnier de l’Ordre des avocats de la Cour d’appel de Paris, Pierre Truche, alors procureur général près la cour d’appel de Paris, Denis Salas, alors juge des enfants du tribunal de grande instance de Nanterre, Laurence Guyon et Gilles Decool. C’était une époque charnière de la construction européenne : le processus de la construction d’un droit pénal européen se mettait alors en marche et appelait une recherche à la fois théorique et pratique pour observer les dispositifs mis en place, leur fonctionnement (et leurs dysfonctionnements), les soumettre à la critique, proposer des améliorations ou des alternatives, imaginer les contours à venir, notamment par des comparaisons avec d’autres parties du monde.
C’est cet objet que s’était donné l’ARPE, et qui est toujours le sien. Les activités de recherche de l’ARPE ont ainsi accompagné, anticipé les évolutions complexes de cette construction d’un droit pénal européen, de la mise en œuvre du Traité de Maastricht au nouvel objectif assigné à l’Union européenne par le Traité d’Amsterdam instaurant un “Espace de liberté, de sécurité et de justice”, ultérieurement renforcé par l’entrée en vigueur du Traité de Lisbonne qui affirme une compétence pénale de l’Union, sans oublier (l’Union européenne est épée et bouclier tout à la fois) la Charte des droits fondamentaux.
A partir de 2004, l’ARPE a été présidée par Geneviève Giudicelli-Delage, professeur à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne. Ses activités se sont ainsi inscrites dans la ligne que prévoient ses statuts, recherche, formation, expertise, avec la volonté d’une part de réfléchir sur le droit pénal européen, de participer par ces réflexions à sa construction, de le faire connaître en dehors de l’Europe, d’autre part de confronter cette construction européenne aux évolutions régionales et internationales du droit pénal, c’est-à-dire de contribuer à la recherche sur l’internationalisation du droit pénal. Dans cette perspective, l’ARPE a développé plusieurs recherches, de manière autonome ou en collaboration avec d’autres institutions, telles que la Commission européenne et le Réseau des associations de juristes européens pour la protection des intérêts financiers de l’Union européenne dont elle fait partie, l’OLAF, l’UMR de droit comparé de l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, le Collège de France, l’Université de Paris Nanterre et les Universités de Castilla La Mancha, Ferrare, Milan, Bologne, Naples et Luxembourg.
L’ARPE est présidée depuis 2023 par Juliette Tricot, maîtresse de conférence à l’Université Paris Nanterre.